Genome-wide association and transcriptome studies identify target genes and risk loci for breast cancer

Ferreira, M. A.; Gamazon, E. R.; Al-Ejeh, F.; Aittomäki, K.; Andrulis, I. L.; Anton-Culver, H.; Arason, A.; Arndt, V.; Aronson, K. J.; Arun, B. K.; Asseryanis, E.; Azzollini, J.; Balmaña, J.; Barnes, D. R.; Barrowdale, D.; Beckmann, M. W.; Behrens, S.; Benitez, J.; Bermisheva, M.; Białkowska, K.; Blomqvist, C.; Bogdanova, N. V.; Bojesen, S. E.; Bolla, M. K.; Borg, A.; Brauch, H.; Brenner, H.; Broeks, A.; Burwinkel, B.; Caldés, T.; Caligo, M. A.; Campa, D.; Campbell, I.; Canzian, F.; Carter, J.; Carter, B. D.; Castelao Fernández, José Esteban; Chang-Claude, J.; Chanock, S. J.; Christiansen, H.; Chung, W. K.; Claes, K. B. M.; Clarke, C. L.; Couch, F. J.; Cox, A.; Cross, S. S.; Czene, K.; Daly, M. B.; de la Hoya, M.; Dennis, J.; Devilee, P.; Diez, O.; Dörk, T.; Dunning, A. M.; Dwek, M.; Eccles, D. M.; Ejlertsen, B.; Ellberg, C.; Engel, C.; Eriksson, M.; Fasching, P. A.; Fletcher, O.; Flyger, H.; Friedman, E.; Frost, D.; Gabrielson, M.; Gago Dominguez, Manuela; Ganz, P. A.; Gapstur, S. M.; Garber, J.; García-Closas, M.; García-Sáenz, J. A.; Gaudet, M. M.; Giles, G. G.; Glendon, G.; Godwin, A. K.; Goldberg, M. S.; Goldgar, D. E.; González-Neira, A.; Greene, M. H.; Gronwald, J.; Guénel, P.; Haiman, C. A.; Hall, P.; Hamann, U.; He, W.; Heyworth, J.; Hogervorst, F. B. L.; Hollestelle, A.; Hoover, R. N.; Hopper, J. L.; Hulick, P. J.; Humphreys, K.; Imyanitov, E. N.; Isaacs, C.; Jakimovska, M.; Jakubowska, A.; James, P. A.; Janavicius, R.; Jankowitz, R. C.; John, E. M.; Johnson, N.; Joseph, V.; Karlan, B. Y.; Khusnutdinova, E.; Kiiski, J. I.; Ko, Y. D.; Jones, M. E.; Konstantopoulou, I.; Kristensen, V. N.; Laitman, Y.; Lambrechts, D.; Lazaro, C.; Leslie, G.; Lester, J.; Lesueur, F.; Lindström, S.; Long, J.; Loud, J. T.; Lubiński, J.; Makalic, E.; Mannermaa, A.; Manoochehri, M.; Margolin, S.; Maurer, T.; Mavroudis, D.; McGuffog, L.; Meindl, A.; Menon, U.; Michailidou, K.; Miller, A.; Montagna, M.; Moreno, F.; Moserle, L.; Mulligan, A. M.; Nathanson, K. L.; Neuhausen, S. L.; Nevanlinna, H.; Nevelsteen, I.; Nielsen, F. C.; Nikitina-Zake, L.; Nussbaum, R. L.; Offit, K.; Olah, E.; Olopade, O. I.; Olsson, H.; Osorio, A.; Papp, J.; Park-Simon, T. W.; Parsons, M. T.; Pedersen, I. S.; Peixoto, A.; Peterlongo, P.; Pharoah, P. D. P.; Plaseska-Karanfilska, D.; Poppe, B.; Presneau, N.; Radice, P.; Rantala, J.; Rennert, G.; Risch, H. A.; Saloustros, E.; Sanden, K.; Sawyer, E. J.; Schmidt, M. K.; Schmutzler, R. K.; Sharma, P.; Shu, X. O.; Simard, J.; Singer, C. F.; Soucy, P.; Southey, M. C.; Spinelli, J. J.; Spurdle, A. B.; Stone, J.; Swerdlow, A. J.; Tapper, W. J.; Taylor, J. A.; Teixeira, M. R.; Terry, M. B.; Teulé, A.; Thomassen, M.; Thöne, K.; Thull, D. L.; Tischkowitz, M.; Toland, A. E.; Torres, D.; Truong, T.; Tung, N.; Vachon, C. M.; van Asperen, C. J.; van den Ouweland, A. M. W.; van Rensburg, E. J.; Vega Gliemmo, Ana; Viel, A.; Wang, Q.; Wappenschmidt, B.; Weitzel, J. N.; Wendt, C.; Winqvist, R.; Yang, X. R.; Yannoukakos, D.; Ziogas, A.; Kraft, P.; Antoniou, A. C.; Zheng, W.; Easton, D. F.; Milne, R. L.; Beesley, J.; Chenevix-Trench, G.; Collaborators, EMBRACE; Collaborators, GC-HBOC Study; Collaborators, GEMO Study; Investigators, ABCTB; Investigators, HEBON; Investigators, BCFR

doi:10.1038/s41467-018-08053-5

Ferreira, M. A.; Gamazon, E. R.; Al-Ejeh, F.; Aittomäki, K.; Andrulis, I. L.; Anton-Culver, H.; Arason, A.; Arndt, V.; Aronson, K. J.; Arun, B. K.; Asseryanis, E.; Azzollini, J.; Balmaña, J.; Barnes, D. R.; Barrowdale, D.; Beckmann, M. W.; Behrens, S.; Benitez, J.; Bermisheva, M.; Białkowska, K.; Blomqvist, C.; Bogdanova, N. V.; Bojesen, S. E.; Bolla, M. K.; Borg, A.; Brauch, H.; Brenner, H.; Broeks, A.; Burwinkel, B.; Caldés, T.; Caligo, M. A.; Campa, D.; Campbell, I.; Canzian, F.; Carter, J.; Carter, B. D.; Castelao Fernández, José Esteban; Chang-Claude, J.; Chanock, S. J.; Christiansen, H.; Chung, W. K.; Claes, K. B. M.; Clarke, C. L.; Couch, F. J.; Cox, A.; Cross, S. S.; Czene, K.; Daly, M. B.; de la Hoya, M.; Dennis, J.; Devilee, P.; Diez, O.; Dörk, T.; Dunning, A. M.; Dwek, M.; Eccles, D. M.; Ejlertsen, B.; Ellberg, C.; Engel, C.; Eriksson, M.; Fasching, P. A.; Fletcher, O.; Flyger, H.; Friedman, E.; Frost, D.; Gabrielson, M.; Gago Dominguez, Manuela; Ganz, P. A.; Gapstur, S. M.; Garber, J.; García-Closas, M.; García-Sáenz, J. A.; Gaudet, M. M.; Giles, G. G.; Glendon, G.; Godwin, A. K.; Goldberg, M. S.; Goldgar, D. E.; González-Neira, A.; Greene, M. H.; Gronwald, J.; Guénel, P.; Haiman, C. A.; Hall, P.; Hamann, U.; He, W.; Heyworth, J.; Hogervorst, F. B. L.; Hollestelle, A.; Hoover, R. N.; Hopper, J. L.; Hulick, P. J.; Humphreys, K.; Imyanitov, E. N.; Isaacs, C.; Jakimovska, M.; Jakubowska, A.; James, P. A.; Janavicius, R.; Jankowitz, R. C.; John, E. M.; Johnson, N.; Joseph, V.; Karlan, B. Y.; Khusnutdinova, E.; Kiiski, J. I.; Ko, Y. D.; Jones, M. E.; Konstantopoulou, I.; Kristensen, V. N.; Laitman, Y.; Lambrechts, D.; Lazaro, C.; Leslie, G.; Lester, J.; Lesueur, F.; Lindström, S.; Long, J.; Loud, J. T.; Lubiński, J.; Makalic, E.; Mannermaa, A.; Manoochehri, M.; Margolin, S.; Maurer, T.; Mavroudis, D.; McGuffog, L.; Meindl, A.; Menon, U.; Michailidou, K.; Miller, A.; Montagna, M.; Moreno, F.; Moserle, L.; Mulligan, A. M.; Nathanson, K. L.; Neuhausen, S. L.; Nevanlinna, H.; Nevelsteen, I.; Nielsen, F. C.; Nikitina-Zake, L.; Nussbaum, R. L.; Offit, K.; Olah, E.; Olopade, O. I.; Olsson, H.; Osorio, A.; Papp, J.; Park-Simon, T. W.; Parsons, M. T.; Pedersen, I. S.; Peixoto, A.; Peterlongo, P.; Pharoah, P. D. P.; Plaseska-Karanfilska, D.; Poppe, B.; Presneau, N.; Radice, P.; Rantala, J.; Rennert, G.; Risch, H. A.; Saloustros, E.; Sanden, K.; Sawyer, E. J.; Schmidt, M. K.; Schmutzler, R. K.; Sharma, P.; Shu, X. O.; Simard, J.; Singer, C. F.; Soucy, P.; Southey, M. C.; Spinelli, J. J.; Spurdle, A. B.; Stone, J.; Swerdlow, A. J.; Tapper, W. J.; Taylor, J. A.; Teixeira, M. R.; Terry, M. B.; Teulé, A.; Thomassen, M.; Thöne, K.; Thull, D. L.; Tischkowitz, M.; Toland, A. E.; Torres, D.; Truong, T.; Tung, N.; Vachon, C. M.; van Asperen, C. J.; van den Ouweland, A. M. W.; van Rensburg, E. J.; Vega Gliemmo, Ana; Viel, A.; Wang, Q.; Wappenschmidt, B.; Weitzel, J. N.; Wendt, C.; Winqvist, R.; Yang, X. R.; Yannoukakos, D.; Ziogas, A.; Kraft, P.; Antoniou, A. C.; Zheng, W.; Easton, D. F.; Milne, R. L.; Beesley, J.; Chenevix-Trench, G.; Collaborators, EMBRACE; Collaborators, GC-HBOC Study; Collaborators, GEMO Study; Investigators, ABCTB; Investigators, HEBON; Investigators, BCFR

Statistics

View Usage Statistics

Identifiers

URI: http://hdl.handle.net/20.500.11940/15437

PMID: 30988301

DOI: 10.1038/s41467-018-08053-5

ISSN: 2041-1723

Full record

Services

Files view or download

Nat Commun . 2019 Apr 15;10(1):1741. doi: 10.1038/s41467-018-08053-5 (3.005Mb)

Corporate author

EMBRACE Collaborators; GC-HBOC Study Collaborators; GEMO Study Collaborators; ABCTB Investigators; HEBON Investigators; BCFR Investigators

Date issued

2019

Journal title

Nature Communications

Type of content

Artigo

DeCS

humanos | estudio de asociación genómica completa | perfiles de expresión génica | sitios de rasgos cuantitativos

MeSH

Humans | Quantitative Trait Loci | Genome-Wide Association Study | Gene Expression Profiling

Abstract

Genome-wide association studies (GWAS) have identified more than 170 breast cancer susceptibility loci. Here we hypothesize that some risk-associated variants might act in non-breast tissues, specifically adipose tissue and immune cells from blood and spleen. Using expression quantitative trait loci (eQTL) reported in these tissues, we identify 26 previously unreported, likely target genes of overall breast cancer risk variants, and 17 for estrogen receptor (ER)-negative breast cancer, several with a known immune function. We determine the directional effect of gene expression on disease risk measured based on single and multiple eQTL. In addition, using a gene-based test of association that considers eQTL from multiple tissues, we identify seven (and four) regions with variants associated with overall (and ER-negative) breast cancer risk, which were not reported in previous GWAS. Further investigation of the function of the implicated genes in breast and immune cells may provide insights into the etiology of breast cancer.

Except where otherwise noted, this item's license is described as Atribución 4.0 Internacional

RUNA digital repository