Subgenomic RNA and Limited Cross-Reactive Neutralising Antibodies Point to Potential Improvements in SARS-CoV-2 Clinical Handling

Abstract

[ES] Este estudio se centró en la positividad por PCR en pacientes con covid leve y en su respuesta inmune después de la infección. Para proteger a la sociedad, los individuos con SARS-CoV-2 deben mantener un régimen de aislamiento social. Sin embargo, muchos estudios sugieren que la PCR no es predictiva de infectividad al final de la infección, ya que puede detectar RNA del virus cuando el virus ya no es viable (la infección ha pasado). En este estudio se optó por comparar PCR para detectar el genoma viral con PCR para detectar una molécula viral distinta llamada RNA subgenómico (sgRNA). Midiendo sgRNA, el periodo de positividad fue entre 1 y dos semanas, más similar al periodo de incubación de SARS-CoV-2 conocido, sugiriendo que el uso de sgRNA en la PCR podría acortar periodos de aislamiento con seguridad y liberar camas de hospitales. El estudio también siguió la respuesta inmune de los pacientes hasta seis meses después de la infección. Se observó que aquellos pacientes que recibieron una dosis de vacuna posteriormente tuvieron una respuesta serológica superior por inmunidad híbrida (infección + vacuna). Si bien el nivel de anticuerpos detectado fue elevado, el nivel volvía a bajar a niveles de pre-vacunación en pocos meses si no había una vacunación de refuerzo. Notablemente, al respuesta inmune era más eficaz contra la misma variante con la que se infectó el paciente. Por ejemplo, sueros de personas infectados con la variante Alfa eran mejores eliminando la variante Alfa que variantes posteriores (Delta, Omicron) o previas (Ancestral-2019). Esto puede mostrar limitaciones en la protección ante nuevas variantes. En resumen, el estudio muestra el potencial de mejora de la gestión diagnóstica y de vacunación cinco años después de la pandemia de SARS-CoV-2.

[EN] The current clinical management of SARS-CoV-2 disease control and immunity may be not optimal anymore. Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) of genomic viral RNA is broadly used for diagnosis, even though the virus may still be detectable when it is already non-infectious. Regarding serology, commercial assays mostly still rely on ancestral spike detection despite significant changes in the genetic sequence of the current circulating variants. We followed a group of 105 non-vaccinated individuals, measuring their viral shedding until negativity and antibody response up to six months. The mean viral detection period until a negative RT-PCR result was 2.2 weeks when using subgenomic RNA-E as a detection target, and 5.2 weeks when using genomic RNA as a detection target. Our neutralising antibody results suggest that, when challenged against a variant different from the variant of first exposure, commercial immunoassays are suboptimal at predicting the neutralising capacity of sera. Additionally, anti-Alpha and anti-Delta antibodies showed very low cross-reactivity between variants. This study provides insights into viral shedding and immune response in pre-Omicron variants like Alpha and Delta, which have been understudied in the published literature. These conclusions point to potential improvements in the clinical management of SARS-CoV-2 cases in order to organise vaccination campaigns and select monoclonal antibody treatments.